Γεννήθηκε στις 1 Οκτωβρίου του 1846 μ.Χ. στη Σηλυβρία της Θράκης από τον Δήμο και τη Βασιλική Κεφαλά και ήταν το πέμπτο από τα έξι παιδιά τους. Το κοσμικό του όνομα ήταν Αναστάσιος.

Την κοίμηση του Αγίου Νεκταρίου Μητροπολίτου Πενταπόλεως Αιγύπτου τιμά η Αίγινα το διήμερο 8 και 9 Νοεμβρίου.